При создании 1000-го  входящего документа, он уезжает в самый конец списка. Можно сделать так чтобы он был  вверху списка постоянно, или например как сделать сортировку по дате регистрации?

Изменение сортировки в журнале входящих документов: Администрирование / Журналы документов / Входящие документы / вкладка Поля/ в Табличной части укажите поле "Дата регистрации".